藏醫對人體的構造有較具體和深入的了解，在世界各種傳統醫學體系之中，可以說是最選進的。
       藏醫認為，人體有七種基礎物質和三種穢物。這七種物質為食物精微、血液、肌肉、脂肪、骨骼、骨髓和精液。這七種物質都是有形的物質，構成人體的主要物質。三種穢物是指糞便、尿液和汗液。
       關于人體內的器官，《四部醫典》中記述得比較詳細。對五臟（心、肝、脾、腎、肺）六腑（胃、大腸、小腸、膽、膀胱、精府）、肌肉、脈絡（血管和神經）的位置、數目均有描述并繪成圖象。在生理方面，主要對月經周期、胚胎發育、分娩、神經和消化系統的功能等作了詳細論述。如書中指出：婦女十二歲月紅來潮。五十歲絕經，每月行經一次。月經來潮時，婦女常有腰部和下腹脹痛、乳房發脹、情緒不穩定等表現。懷孕后，胎兒經38周多發育成熟開始分娩，每周的發育情況均有詳細記述。同時還指出胚胎發育過程中，要經歷魚期（相當水生動物）、龜期（相當于爬行動物）、豬期（相當于哺乳動物）三期，體現了動物進化過程的幾個階段。正如恩格斯所說的：“母腹內的人的胚胎發展史，僅僅是我們的動物祖先從蟲豸開始的幾百萬年的肉體發展史的一個縮影”。胎兒之所以發育成熟，是母親的營養物質通過肌帶供養胎兒的結果；關于婦女的月經周期、胎兒發育過程和分娩的記述，與現代醫學生理學是基本一致的。
       在解剖方面，對五臟六腑的位置作了記述，并繪制成圖，還采用了比喻說明。如心臟相當于“國王”，肺相當于“大臣”和“王子”。這與中醫的“心為君主之宮，肺為相傅之宮”等說法頗為類似。特別值得指出的是，在公元17世紀末葉，藏醫兼畫家的洛札*丁津諾布從尸體解剖的實際出發，一反傳統觀念，畫出了新的解剖圖，正確地把心臟畫在胸腔正中偏左的位置，心尖朝左下。糾正了長期以來將心臟的位置畫在胸腔正中，而且心尖朝上的錯誤。對于氣管和肺、腹腔內各臟器的解剖位置和形狀，也都繪制得更加符合人體實際情況。對人體骨胳的數目也作了記載，如牙有32顆，肋骨14根，四肢大關節12個等等。這在我國人體解剖學史上是一個重大的貢獻。
       關于神經和血管方面，藏醫學認為人體內有各種脈絡，其中有些是相互連接的，叫聯結脈。聯結脈分白脈（即神經）和黑脈（即血管）兩種，腦為白脈之海，自腦向脊髓內伸出一支較粗的命脈，再發出若干分支，分布于五臟六腑及四肢和具有知覺功能的無數水脈。如白脈受傷，便喪失司管運動和知覺的功能。黑脈又分跳動的脈（即動脈）和不跳動的脈（即靜脈），跳動的脈與心臟相連接。總之，脈絡是氣血的通道，是維持人體生命的根本。早在公元8世紀藏醫對神經和血管的功能就有這樣深刻的認識，對我國醫學也是一大貢獻。