藏醫藏藥歷史悠久。早在遠古時代，生活在西藏高原的居民在同大自然作斗爭中逐步認識到了一些植物的性能及其用于治療的經驗；在狩獵過程中，又逐漸知道了一些動物的藥理作用。相傳在公元前三世紀，就有了“有毒就有藥”的說法。據《玉妥.云登貢布傳》記載，西藏最早流行的一種醫學叫《本醫》，當時還沒有系統的理論，主要靠三種療法，即放血法、火療法、涂摩療法來治病。同時，還用酥油止血，用青稞酒治療外傷等等原始簡單的辦法。

公元四世紀，天竺的著名醫學家碧棋嘎齊和碧拉孜入藏，傳播了《脈經》、《藥物經》、《治傷經》等五部醫典，對《本醫》的發展起了積極的作用。公元六世紀以來，從內地傳來了醫學和天文歷算；七世紀，文成公主入藏，帶來四百零四種病方，五種診斷法，六種醫療器械以及四種醫學論著如《門介欽莫》（即《醫學大全》）等。八世紀，金城公主入藏時又帶來了許多醫藥人員和醫學論著，并把其中一些著作譯成了藏文，如《索瑪拉扎》（即《月王藥珍》）等等。

赤松德贊時期，藏醫有了很大發展，出現了九大著名醫學家，即玉妥.云登貢布、碧棋列貢、吾巴曲桑、齊齊謝布、米娘絨吉、昌提杰桑、聶巴曲桑、冬門塔杰和塔西塔布。其中玉妥.云登貢布最為有名。

玉妥.云登貢布（708~835年）是吐蕃王朝時期最杰出的醫學家，曾擔任過贊普的御醫，是藏醫學理論體系的奠基人。他走遍西藏各地，廣泛搜集和研究民間醫方，總結民間醫藥經驗，還多次赴內地五臺山以及印度、尼泊爾等地，拜中外名醫為師，曾邀請著名中醫學家東松（即韓文海）、印度醫學家新提嘎瓦、尼泊爾醫學家達瑪錫拉、克什米爾醫學家庫雅巴等來藏研討學術。他結合中外醫學成果，編著了三十多部醫學論著從而形成了藏醫的一整套體系。

從此，藏醫藥進入了一個新的發展階段。